Bitte wartet nicht zu lange mit den Überlegungen und stellt das frühzeitig zur Diskussion. Ich habe gerade einiges in diesem Bereich gemacht (auch in den ImageManager eingebaut) und könnte einige Gedanken beisteuern.
Das würde aber zwangsweise bedeuten, dass der Aufruf von "Medien" nur über PHP-Aufrufe stattfindet.
Anders ist das aber leider ohne Ordner auch nicht lösbar. Ressourcen die direkt adressierbar sind, sind auch auslesbar. Übrigens auch ein wichtiger Punkt, falls überlegt wird, den Download über Image_Manager-Parameterisierung zu gestalten. Das ist so natürlich Quatsch. Auch ein evtl. installiertes Plugin wie Image_resize kann hier schnell zur Hintertür werden. Man kommt also um einen grundlegenden Ansatz nicht herum.